美國聯邦調查局調查通俄門及希拉莉電郵門期間，一直被總統特朗普抨擊處事不公，該局局長克里斯托弗雷（Christopher Wray）撤換多名前局長科米的舊部。司法部證實，聯邦調查局總法律顧問貝克（James A. Baker）將由維珍尼亞州東區聯邦檢察官、司法部國家安全部署理主管博恩特（Dana Boente）接替；而克里斯托弗雷的幕僚長雷比茨基早前以轉到私人企業工作為由請辭，司法部前官員哈蒙將接任該職。有官員表示，克里斯托弗雷於2017年8月上任後已換掉兩名首席助理，二人都是由前局長科米提拔出任職務。
另外，曾參與通俄門調查的聯邦調查局探員史卓克早前被揭2016年12月至2017年5月與同事互傳反特朗普短訊，但局方表示儲存短訊的三星手機在更新軟件時遺失資料，司法部已下令調查事件。特朗普在Twitter批評聯邦調查局遺失短訊是「久久難逢一遇的大事」，質疑當局把事件諉過於三星，但他把遺失短訊的數目由數百誇大成5萬條。
