馬英九辦公室傍晚發表聲明（全文），對府方的決定表示強烈遺憾，且令人難以信服，與其他卸任元首有差別待遇，相信社會自有公評。馬辦說，馬英九前總統此行全程公開透明，僅在香港停留7小時，也未安排與旅居香港的女兒碰面，當天來回，高度自我約束，甚至按總統府要求7日派員「事先提供講稿內容等相關資料」，就是希望讓此行單純化，卻仍被質疑有洩密之虞，不僅是對御任國家元首不尊重，恐也斵傷台灣自由民主的國際形象。
馬辦質疑，前總統李登輝於2000年5月20日卸任，當年6月27日就以熊彼德基金會舉辦學術活動為名，赴英國訪問多日，難道沒有洩密之虞？馬辦又說，府方稱國安局並無與香港合作之前例，無法保證馬前總統之人身安全，但台方警政署與香港警務處合作多年，關係一向良好，說雙方不能合作令人費解。