台灣屏東琉球籍漁船東聖吉16號仍然遭扣押，政府官員紛紛表態。行政院長張善政表示，沖之鳥自然地理只是9平方公尺大，在國際法上絕對是礁而非島，沒有200浬經濟海域，台灣的漁船在公海作業，日本絕對沒有權力可以登船扣押。外交部發言人王珮玲則指，沖之鳥周邊海域確實存有爭議，中華民國政府無法接受日方在爭議海域扣捕漁船作為，台北駐日經濟文化代表處同步向日方提出嚴正交涉並表達抗議，呼籲日方儘速釋放人船，漁民在沒有明確結論之前盡量避免前往。
馬英九強調，日本應該尊重我國及其他國家在該海域航行及捕魚等權益。立法院長蘇嘉全表示，「強制依照200浬經濟海域把我們的漁船強押，我覺得這是件不對的事情，政府主管單位應盡速和日本協商。」
