台灣屏東琉球籍漁船東聖吉16號2016年4月24日於沖之鳥礁附近海域公海作業，遭日本公務船以入侵日本專屬海域，觸犯該國「排他性經濟水域（專屬海域）漁業等有關主權行使的法律」的第5條第1項為由，攔查扣押人船，包含台籍船長潘健鵬、1名中國籍和8名印尼籍人員共10人，要求保釋金170萬新台幣(40多萬港元)，否則人船將押往日本，並將重罰800萬。台灣政府表示抗議，外交部提出嚴正交涉，要求盡快釋放船舶和海員，重申沖之鳥屬「岩礁」，無權享有200浬專屬經濟水域，籲請日方應尊重各國於公海之航海權及捕魚權。最終潘健鵬家人決定匯款，人船5月5日返抵屏東琉球漁港。

沖之鳥位於菲律賓海，是日本的最南端，由東京都小笠原村管轄。其總面積7.86平方米，最高海拔1.5米，為東礁、北礁和人造礁南礁，目前日本對其是島嶼的主張並未完全獲聯合國認可。

事件引起廣泛對沖之鳥是礁是島的爭議，日方主張沖之鳥是島嶼，島周邊200浬屬該國的專屬經濟區，享有區內的一切自然資源。台灣則堅持沖之鳥只是礁石，除了半徑12浬內屬日本領海外，其餘均屬公海，其他國家可以在該處開發自然資源和捕魚。東聖吉16號當時位於沖之鳥東南偏東約150浬，該位置屬於公海海域，日本政府無權扣押台方漁船。

日本早於1996年將沖之鳥礁周邊200浬設為專屬經濟海域，但2003年以後，中國、南韓等國主張「沖之鳥礁並非島嶼、無法設置專屬經濟海域」反對日本設置專屬經濟海域。台灣外交部過往僅表示「（沖之鳥礁究竟是島還是岩礁）在國際上有很多爭論」，未明言沖之鳥為「岩礁」。

馬英九以往對日立場一向採軟性態度，《自由時報》報道，日本於沖之鳥附近海域扣捕漁船早於2005年10月和2012年6月發生，2次事件都是由台灣向日本支付「保證金」（原為審判時用來保證出庭的保證金，但因根本沒有開庭，形同「罰款」）便告終。2012年事件發生時，馬英九政府也只是透過外交部提出書面抗議，未採取強硬手段。

馬英九今次立場卻突然轉變，一改年前承認沖之鳥是島嶼的口風，探取前所未見的強硬態度向日方表示，「日本單方面、不當地設置專屬經濟海域，扣捕台灣漁船」，並以「保護漁民」為由，派遣海巡署和農委會艦艇到沖之鳥礁巡視。台灣公開與日本對立，可能導致反日情緒漸起，動搖台日長期友好關係。

受影響的不僅是台日關係，還是國民黨與民進黨的政治角力。強硬表態被廣泛視為即將卸任的馬政府最後衝刺的政積，還為接手權力的蔡英文施加壓力。國民黨不停發表言論突顯民進黨對日的軟性態度。蔡英文僅以「全力捍衛」回應事件，被國民黨主席洪秀柱質疑「逢中必反，逢美日必軟」。即將駐日的前行政院長謝長廷對海巡署派艦到沖之鳥一事表示，「用外交手段解決的事情就不要動用武力」，被國民黨指「喪權辱國、失言、失格與失禮」，前立委林郁方批評「藝妓外交」。

事件至今仍未平息，島嶼爭議是民進黨掌權後必須面對的議題，蔡英文上場後，新政府明顯對沖之鳥立場放軟，各方關注其對日態度未來動向。無論蔡政府「友日」與否，對外政策須謹言慎行，以免引發海峽兩岸關係再起風波。