儘管行政會議早已就機場第三跑道工程拍板，並已公布融資方案，大批市民仍堅持提出反對意見，前天文台長林超英自2015年7月入紙提出反對，多次與地政總署往來電郵辯論，但到4月8日（週5），地政總署卻以他無提出新反對論點為由，限他一個工作天即11日中午前回應，否則當作「最後回應」。據《香港01》報道，身兼中文大學地理與資源管理學系客座教授的林超英表示1月接到地政總署回覆時，獲得一份機密文件《海上交通影響評估》顧問報告，發龍鼓水道存在的隱憂比想像多，他並就相關的質疑疑和地政總署多次書信往來，撮要雙方不同的意見（見下表）。林形容署方限令時間不再討論，做法非常「粗暴」，三跑填海工程背後千瘡百孔，唯政府部門未有向公眾交代清楚，反而一直護航務求讓工程上馬，他慨嘆：「理性之路已行到盡。」
| 林超英質疑 | 地政總署回應 | |
| 1 | 2013年船隻踫撞數量有12.5宗，顧問報告推算填海興建三跑後，2030年會增至37.1宗，構成嚴重的海事風險。 | 即使沒有三跑道系統，按該區海上交通的自然增長量計，估計到2030年的碰撞數量會增至36.1宗，認為船隻數目增長較三跑填海的風險更大。 |
| 2 | 顧問報告錯誤計算因填海而增加意外的社會風險水平。 | 林超英的評估未按照《國際海事組織的綜合安全評估》指引，未有考慮「整個群體人口」因素。 |
| 3 | 蛇口的貨櫃輪急升，但顧問報告並無將內地航運資料一併考慮，低估龍鼓水道繁忙情況。 | 香港水域的主要資料來源遠比內地資料來源更合適，因為龍鼓水道絕大部分交通活動與香港港口活動密切相關。 |
