2006年9月14日,北京市高級人民法院立案庭已立案處理程翔上訴案。據中國人權民運信息中心引述法院立案庭的工作人員表示,法庭下午已將數據輸入電腦。
信息中心表示,程翔代表律師提交的上訴材料的重點,是反駁內地國家安全部將台灣中華歐亞基金會定為間諜組織。
2006年11月24日,北京市高級人民法院二審認為,一審判決認定的事實和適用法律正確,量刑適當,審判程序合法,依法駁回其上訴,維持原判。
程翔妻子劉敏儀獲悉判決結果後,穿着黑衣召開記者會,宣讀一份程翔本人的聲明。聲明強調,他沒有做間諜的主觀意圖,亦沒有將涉及國家機密文件交給歐亞基金會,對他犯罪行為的指控,實際上已經被控方自己提出的證據所全部推翻。他又懇請中央政府考慮「一國兩制」特殊性與《基本法》23條還未在香港立法情況下赦免其刑責。
劉敏儀對維持原判的決定感到憤怒和難以置信,家人堅信這根本是一宗冤案。程翔的哥哥程曦也認為,程翔一直為中國做事,卻得到污名,讓人痛心。劉敏儀表示,程翔身體不好,家人正考慮聲請保外就醫。