有超過20年飛行經驗的退休國泰機長Jan Bochenski表示，第三條跑道難與現時的兩條跑道協調，限制飛機起飛後的航道數量；另外，跑道與大帽山成一直線，增加航機降落難度之餘，一旦飛機由西南方降落，更有撞山的風險。
機管局回應指，第三條跑道的位置及座向，皆與英國國家空中交通服務有限公司（NATS）訂定，符合安全要求。
林超英質疑，「新跑道只係畀有錢人用，但對環境嘅影響就係全港市民承受，最終得物無所用，只係將千億銀紙倒落鹹水海」。他續指，機場島北面填海，影響青山南端和東涌之間的海面水流，大為惡化香港內港水域污染；咸淡水比例變更，更令海洋生態改變。