一地兩檢方案引來爭議，94名民主派議員、民間團隊及12間大專院校學生會代表組正式成立一地兩檢關注組，並發表立場書，向港府提出3點要求，包括停止向公眾發放有關方案的「誤導訊息」，像高估乘客量和回報率；撤回方案，以及提供多項方案諮詢公眾。關注組表明未來3個月將打「民意戰」，公民黨立法會議員陳淑莊指，政府可能11月於立法會提交決議案，因此未來3個月是累積民意的關鍵時刻，期間將派發宣傳單張，發起聯署行動。另外至此時已有5名市民就政府一地兩檢方案提出共4宗司法覆核，將合併於今年9月22日在高院申請覆核許可。
據關注組列出反對一地兩檢的理據包括：
- 違反基本法：第18條訂明中國法律不會在港實施，除了已載於基本法附件3涉及國防外交等幾項條文，第22條更訂明中央人民政府各部門在香港的人員必須遵守香港法律。
- 憂開先例：港府可藉詞以其他理由在港其他口岸或區域照辦煮碗，自廢司法管轄權，交由中國人員執行內地法律。
- 混淆視聽：西九一地兩檢方案與政府引用英法、美加口岸例子不能相提並論，因這幾個國家並沒有因為一地兩檢而割讓自己境內的司法管轄權。
- 方案非唯一選擇：兩地兩檢、在福田一地兩檢、西九龍站改作其他有利香港經濟民生的用途，皆為值得公眾探討的方案，不應由政府「一言堂」。
