港深共同發展的「港深創新及科技園」，由香港科技園成立的附屬公司管理，附屬公司的董事局主席由港方委任，香港擁「話事權」，並指港深雙方不存在「秘密交易」。但《明報》據悉，港方和深方提名人士各佔3分1，餘下3分1成員由港深雙方共同提名，有關協定並沒有在公開備忘錄上。
《明報》在20日向創科局查詢，局方新聞稿證實負責開發「港深創新及科技園」的公司，將為一間由香港科技園公司（科技園公司）全資擁有的附屬公司。按港深雙方達成的共識，假設董事局有10名董事，港方將提名4名（包括主席），深方提名3名，餘下3名則由雙方共同提名，主要由國內外頂尖科研機構、企業及大學的相關人士出任。
立法會資訊科技界議員莫乃光指，政府未有交代港深共同提名的三分一董事局成員機制。若中方人士出任，港方主席即使有主席決定票，也變相失去「話事權」，他又指河套區由港方全資興建，但日後卻無話事權，這做法有問題，質疑科技園「為那些人的利益」，指為何沒有在備忘錄上提及，經傳媒查詢才披露出來，認為做法「遮遮掩掩」。