港鐵公司自2018年6月起，多次爆出鐵路設施受鄰近工程影響出現沉降。港鐵和政府部門發放資料的遲緩，亦備受批評。為回應公眾對沉降通報安排的關注，政府於8月6日公布「監察及通報私人建築工程對鐵路運作影響的機制」，加強港鐵和政府部門之間的通報，以及對公眾的資料發放。

首宗爆出的沉降事件，涉及西鐵元朗站高架橋橋躉。6月22日，有傳媒揭發元朗站有2座高架橋橋墩於2002年出現沉降，橋墩鄰近新鴻基項目「Grand YOHO」第3期打樁工程。港鐵及後證實，早在2012至2013年間，已發現該兩座橋墩出現沉降。到2013年下旬，沉降幅度達到20毫米的可接受上限。9月，發展商因應港鐵要求停止樁柱工程。

2014年10月，港鐵向屋宇署提交為橋躉混凝土支柱加固工程方案，但港鐵一直無法與發展商就工程費承擔問題達成共識。商討拉鋸4年後，新鴻基為盡快悏復項目，同意支付工程費用。2017年9月，加固工程展開。2018年7月5日，運房局副局長蘇偉文在立法會有關元朗站高架橋橋躉沉降的休會辯論中發言，指發展商已在5月向屋宇署提交經修訂的打樁工程圖則，並承諾在橋躉加固工程完成後才會展開樁柱工程。

就在元朗站高架橋橋躉沉降風波暫告平息後，7月11日，運房局回答立法會議的書面質詢時，主動披露輕鐵天水圍天榮站月台因為出現沉降，旁邊的物業發展工程已經停工。港鐵當晚發出新聞稿，指在2017年10月發現天榮站月台出現輕微沉降，之後要求發展商（新鴻基全資附屬公司）暫停在月台附近使用震動方法進行「閘板樁」工程。發展商之後提出其他施工方法，港鐵同意恢復工程。雙方其後整調沉降上限為80毫米，2018年5月獲屋宇署同意（屋宇署的「作業備考」規定沉降上限為20毫米）。雖然發展商先後對月台進行數次加固工程，但沉降持續。6月25日，發展商進行支撐加固工程後，月台沉降仍然超標。加固工程和地基工程因而停止至今。

運房屋當日在回答書面質詢時，同時公布，正對64項在鐵路保護區內（指鐵路構築物邊緣起計30米範圍內的地方）進行的工程進行沉降監測，其中重鐵佔56項，輕鐵佔8項。另外，當中46項工程的監測點錄得沉降，佔總數70%。

至於大圍站的沉降問題，是由港鐵在7月13日主動公布。港鐵表示，7月12日在大圍站往紅磡方向月台末端及附近一支架空電纜杆的監測點，發現沉降幅度超過20毫米，於是即日要求大圍站上蓋物業發展商新世界停止地基工程。屋宇署接到港鐵通知後，即日派員到場視察，而機電署亦覆核港鐵提交的路軌監測數據，確定鐵路安全。屋宇署和港鐵已要求物業項目的註冊建築專業人提交緩解措施。

政府為改善沉降的通報和資料發放安排，在8月6日公布「監察及通報私人建築工程對鐵路運作影響機制」。在新機制下，當鐵路保護區內監測點錄得的沉降幅度達到停工指標，港鐵、屋宇署和機電署（法定的鐵路安全監管機構）會互相通報。在隨後的48小時內，屋宇會和機電署會分別進行視察和審核港鐵提交的數據，以保證鐵路安全運作，之後會隨即向公眾滙報情況。