陳馮富珍曾任香港衛生署署長，至2003年被時任世界衛生組織總幹事李鍾郁提拔，於是辭去公職前往在瑞士日內瓦擔任世界衛生組織助理總幹事。

至2006年7月25日，中國政府宣佈推薦陳馮富珍角逐世衛總幹事，以接替於任內期間逝世的李鍾郁。總幹事競選於同年11月6日至9日舉行。11月6日，世界衛生組織執事委員會選出最後5名總幹事候選人，陳馮富珍獲得最高票數（24票） ；11月8日，世界衛生組織宣佈代表中國參選的陳馮富珍被推舉為總幹事，於11月9日獲得世界衛生大會通過。

她首任任期至2012年6月30日，在2012年5月23日，她成功連任，任期至2017年6月30日。

陳馮富珍能連任兩屆世衛總幹事，除了她在SARS期間的表現獲得國際衛生界的肯定外，普遍也相信與中國大陸的支持有關。