正如本身專研基本法的國內清華大學法學院學者程潔所說：「由基本去形成的雙軌制權力關係，最直接的表現就是全國人大常委會與香港終審法院之間的釋法權衝突。」發生在1999年初的終審法院就「吳嘉玲、吳丹丹訴入境處處長案」作出的判詞，便產生了香港終審法院與全國人大釋法權的不同解讀，被視為香港回歸落實「一國兩制」以來發生最嚴重的憲制危機。

「吳嘉玲、吳丹丹訴入境處處長案」本來是一宗單純的港人在內地所生子女居港權案作出終審判決。但終審法院在裁定凡香港永久性居民在內地所生子女享有居港權之餘，還強調「特區政府無須要求全國人大常委會闡釋基本法有關內容，特區法院有司法管轄權，可以審核全國人大或其常委會的立法行為是否符合基本法，並有權宣布被裁定不符合基本法的立法行為無效。」

據國內體制，全國人大或人大常委會是全國最高的權力機構，反映人民和國家意志，終審法院在確定本身的司法管轄權之際，並列明「可以審核全國人大或其常委會的立法行為是否符合基本法」，無疑觸動了主權國的神經線。

終審法院的判詞才發表一週，北京已瀰漫一片煙硝味，《人民日報》發表文章，轉述了香港媒體稱之為「四大護法」的法學專家包括蕭尉雲等的意見，炮轟判詞中有關特區法院可審查t並宣布全國人大及其常委會的立法行為無效的內容，違反基本法的規定，是對全國人大及其常委會的地位並對『一國兩制』的嚴重挑戰！」

北京砲聲隆隆，官員媒體紛紛出動，既指判決錯誤，又指必須糾正。這翻措詞，其實並未對終審法院判決的實質內容作出批評，卻在於釐清「一國兩制」下，中央與特區之間的憲政關係。

終審法院對於北京的強硬立場，也作出明智的回應，罕有地作出澄清聲明，強調原有判詞並沒有質疑人大常委會根據基本法賦予解釋基本法的權力，以及若人大常委會作出解釋，特區法院必須要以此為依歸。「澄清」強調：「我們接受這個（人大的）權力是不能質疑的。」

之後特區政府向國務院提交報告，請求全國人大常委會對基本法有關條文作出解釋，也即是，正式要求人大常委對有關港人在內地子女居港權的條文作出解釋，人大常委會頒布解釋時，除了就條文的實質內容作出解釋之餘，並再次強調：「特區法院在審理有關案件引用基本法中相關條款時，應以全國人大常委的解釋為準。」

對於是次人大釋法對香港的法治和司法獨立是否造成了嚴重打擊，香港法律界和政界有不同解讀，時任香港大學法律學院院長的陳弘毅認為是次人大釋法，只是「一國兩制下香港的新法律秩序的產物」，不過他也強調這並不是說人大可隨意釋法，過多釋法必然會蠶食香港法院的司法權。