一地兩檢，是指抵達地和出發地的邊境管制人員於同一地點或同一運載工具，分別辦理跨境旅客的出入境和檢疫等手續。全球有不少地方實施這項政策，比如英國、法國、比利時的歐洲之星列車站；美國的海外入境手續，也經常在旅客出發前往美國的飛機、船舶或火車入閘口，由美方預辦。

貫通內地與香港的高鐵，速度相當快，若在路段中間設置中途站進行檢疫或辦理出入境手續，將使高鐵的概念大打折扣，於是早在2009年已有人提出這一概念，讓內地邊檢人員在香港總站執行口岸工作。

但在一國兩制下，實行一地兩檢涉及複雜和敏感的法律問題。譬如說，如果有通緝犯辦理了香港的出境手續，卻被車站內執勤的內地公安抓到，這時該用香港法律，還是把犯人帶到內地採用內地法律？容許內地執法人員在本港境內執法，有可能牴觸基本法，同時，大多數全國性法律亦不適用於香港。

現時深圳灣口岸是中國首個及唯一實施一地兩檢的口岸，而深圳灣口岸聯檢大樓位於蛇口，屬於深圳境內。全國人大常委會2006年根據基本法第二十條通過決定，授權香港政府派出執法人員全封閉式管理大樓內的港方口岸，並實施香港法律。香港方面，立法會其後也通過了《深圳灣口岸港方口岸區條例》，作為一地兩檢所需的本地立法。

而若要在位於香港境內的高鐵香港段總站九龍站實施一地兩檢，香港就要反過來授權內地的執法人員，讓他們在香港境內的聯檢大樓為抵港、離港旅客辦理出入境手續。

立法會2010年就此提出動議辯論，多位泛民法律界議員質疑一地兩檢或代表內地執法人員在港執行內地法律，實乃違反基本法，又指此舉會導致內地和香港司法管轄區重疊，引申指香港的自治範圍將遭到縮小。

不過，輿論也有不同意這種質疑的觀點，有人認為既然基本法第18條第2段明文規定「全國性法律除列於本法附件三者外，不在香港特別行政區實施，凡列於本法附件三之法律，由香港特別行政區在當地公布或立法實施」，足可見上述泛民議員觀點有誤，因為基本法第18條第2段說明列入附件三中的全國性法律適用於香港，假如有關一地兩檢的全國性法律被列入附件三，在香港公布並立法實施，則在香港執行有關的國內入境法規並不違反基本法。

這一爭議一直未能解決，直到2014年底，時任署理運輸及房屋局局長邱誠武回答議員質詢時，仍然表示有關問題「正由律政司、運輸及房屋局以及有關政策局和部門共同積極研究，並同時與內地相關部委進行商討」。但他清楚表明了政府的立場：務求在高鐵香港段於2017年年底完工及通車時，於西九龍總站實行「一地兩檢」。

2017年12月27日，全國人大常委會通過高鐵「一地兩檢」的《合作安排》。部分實施細節包括內地口岸區的範圍為西九龍站地下二、三層的劃定區域、地下四層月台區域及有關連接通道，包括內地監管查驗區、辦公備勤區、離港乘客候車區、車站月台和連接通道及電梯。另外，由香港特區對廣深港高鐵香港段乘客實行實名制售票，並進行實名制查驗；香港特區對進入西九龍站離境的高鐵乘客進行安全檢查。

「一地兩檢」一直被指缺乏法律依據，並抵觸《基本法》第18條，即「全國性法律除納入附件三外不在香港實施」。律政司司長袁國強在記者會上表示，《基本法》第18條規定在港實施的全國性法律適用範圍是整個特區，實施主體是特區，對象是特區所有人士，但在西九龍站的內地口岸區實施全國性法律的主體是內地機構，對象是口岸區內的高鐵乘客，並不抵觸第18條。