馬英九辦公室2016年6月1 日證實，剛在5月20日零時卸任的前總統馬英九應「亞洲出版業協會」（SOPA）邀請，6月15日赴港出席「亞洲卓越新聞獎」頒獎典禮，並發表專題演說。

依2003年通過的中華民國《國家機密保護法》，2008年並適用於總統的第26條規定，卸任不到3年的前總統，出境前須經過總統府同意。馬辦乃按規定在這天上午11點前，向總統府提交申請，府方發言人黃重諺說，一切依相關法例的規定和公文程序辦理，蔡英文之後並大動作指示府祕書長林碧炤、國安會祕書長吳釗燮共同召集專案小組進行評估。

馬英九與香港有緣，他在香港廣華醫院出生，之後1997年初卸任法務部長後，首次低調訪港，到1999年3月以台北市長身份2次訪港進行《雙城論壇》，兩年後即2001年第3次訪問。這次則是應SOPA透過天下雜誌董事長殷允芃1月21日當面提出邀請。

馬辦指出，協會既為香港非營利團體，成立宗旨在維護新聞自由，每年舉辦亞洲卓越新聞獎頒獎典禮，是國際新聞媒體的知名指標，馬發表的演說，內容會觸及兩岸關係和東亞情勢看法，為免有心人士惡意炒作，馬英九將即日來回，預計在港只有7個小時，全程透明公開，並特別強調「歡迎媒體隨行全程採訪」。

民進黨新政府到底要不要批准馬英九赴港發表演說，與其說是法律上的程序考，倒不如說是政治考量。除了馬英九自己已小心翼翼，避免落人口實，從民主原則衡量，現任總統以國家安全為由質疑卸任元首對國家的忠誠度而否決其離境申請，實在有點說不過去。

正如曾在陳水扁執政期間擔任陸委會副主委的淡江大學戰略研究所助理教授黃介正認為，這不僅對卸任元首不尊重，也對蔡英文經常強調要努力讓朝野和解沒有幫助。

蔡英文卻有本身的考慮。蔡獲選為準總統期間，在中山女高演講時曾自喻是「平衡者」，希望在各種交錯的利益及勢力中，找均衡點，其實也即是所有執政者所期望，尋找社會政治光譜的趨中點。然而她任命林全這位外省藉學者擔任行政院院長，已引起綠營內部頗大反彈，正因貪腐案而身繫囹圄後獲判保外就醫的陳水扁，與他兒子陳致中則動作頻頻，蔡英文一直未使用總統的特赦權力。

台獨陣營凱格蘭達基金會6月4日在北市舉行的餐會，本來邀請在高雄保外就醫的陳水扁赴宴，但依法阿扁只能與醫療有關的活動才能離開住宅，最後經磋商妥協，便以見老朋友對阿扁的憂郁症有幫忙這勉強的理由，讓扁在酒家的小包廂，與老朋友見面。

蔡英文期望在國內的政治光譜上，與2000年剛上任的陳水扁，以及8年後上任的馬英九都一樣，期望做好「全民總統」，期望能在政策上趨中化，在6月10日發生一宗洪姓婦人辱罵老榮民（老兵）並播上網絡引起全民甚至大陸民眾公憤的事件，蔡英文還轉載了時任國民黨主席洪秀柱的fb帖文，表現向中間選民甚至藍營示好的姿態，並表示支持洪秀柱及國民黨提出的「反分裂族群法」。

在這當下，台獨力量包括台灣社、北社、中社、南社、東社、客社等卻早已罕有地發出聯合聲明稱，要求總統府駁回馬英九赴港申請。綠營政論節目上，民意代表更是一片罵聲，甚至上綱上線到連馬英九「聯共製台」的話都說出口，到陳水扁出席基金會晚宴時談及馬申請來港演講，更氣忿地說：他下台可以飛到香港，我下台只能困在這小廂房？

來自深綠的壓力外，蔡英文當然也有自己的心事。馬演講的主題既是兩岸關係、南海情勢，正在南海仲裁案出爐前夕，馬赴港演講談太平島主權、南海十一段線，乃至沖之島礁造成的國際宣傳效應，對她背後的日美菲聯盟是否會造成壓力？

至於蔡英文拒絕承認九二共識，520後兩岸官方往來停擺給蔡政府莫大壓力，陸委會和海基會不斷說「持續溝通」也改變不了事實，大陸凌遲式的切斷與蔡政府官方往來甚至經濟往來，連民進黨執政縣市城市交流也受到波及，豈能讓馬英九跑到香港去高分貝談九二共識，給馬機會在蔡自己的兩岸政策傷口上灑鹽？

總統府12日宣布駁回馬英九申請，祭出洋洋灑灑的4大理由，既涉國家安全又指考慮到前任元首的人身安全，廣被批評為政治考慮多於一切，甚至有指根本是箭已射出，才畫下箭耙。

民進黨立委說，總統府這次決定，是依法辦事，但蔡英文寫了歷史，也將留下行政慣例，對台灣社會的和解，或許會有深遠的影響。