經過7年討論和醞釀，港府公布高鐵一地兩檢方案，西九高鐵站涉及10.5萬平方米的「內地口岸區」，佔西九站的總建築樓面面積約四分之一，連同營運中的高鐵列車車廂範圍由內地管轄事項，適用內地法律，由內地法院行使司法管轄權。但「內地口岸區」有六項民事相關事項仍受香港特區法律及受香港法院管轄。政府在《廣深港高鐵建議方案文件》中解釋，由於「內地口岸區」在法律上視為香港特區的區域範圍以外，基本法第8條即特區享有行政管理權、立法權、獨立的司法權和終審權、第18條即香港特區不實行全國性法律、及22條的中央不得干預香港特區自行管理事務等的規範不適用。
保安局局長李家超遻，按他理解廣東省口岸的一般運作模式，執法人員巡邏時配備警棍，而在哪種情況下增加甚麼裝備，是按實制情況，由當地機關決定。律政司司長袁國強則強調，不存在割地，沒有削弱港人權益。另外有關文件又解釋，港府與中央多年來一直同意在西九龍總站實施的一地兩檢方案必須符合基本法，並同不會引起特區保安上的問題，且必須在此前提下讓內地人員依據內地法律在西九龍總站的內地口岸區辦理通關程序，最後決定「三步走」方式實行。第1步：由內地與香港特區達成「一地兩檢」合作安排，第2是由人大常委會通過決定批准及確認安排，第3兩地各自進行相關程序，香港方面將涉及本地立法工作。
