2014年4月17日，港鐵宣佈港深高鐵工程因地質複雜及黑雨浸毀鑽挖機而延誤，原定2015年完工要延期到2017年通車，原定669億的造價，要上漲到715億港元。

消息宣布後，社會輿論譁然，有立法會議員提議要以特權法調查，港府主管房屋及運輸局局長張炳良向公眾道歉，興建在高鐵站上蓋的西九龍文化區也宣布部分項目被拖累需延遲完工，到最後港鐵原行政總裁韋達誠宣布提前10月份解約退休，並主動承認自己過去多次有機會向港鐵匯報高鐵工程可能會延誤，卻沒有公開說明。

捲起的風波卻沒有因此而平息，工程再延誤、造價再提高的可能性，依然存在。果然2015年5月，再爆出這26公里的鐵路工程造價可能要超過900億，即超支起碼四成，2017年也不能通車，政府表示「非常關注」。

廣深港高鐵工程分為兩段：廣深段起於廣州南站止於深圳福田站，全長110公里；香港段起於香港西九龍總站止於香港與深圳的邊境，僅26公里。廣深段中，廣州南至深圳北已在2011年通車，深圳北至福田段在2014年通車。

廣深港高鐵亦是京港高鐵和滬港高鐵的重要組成部分，與16,000公里的中國高鐵「四縱四橫」客運系統相連。當今世界上運營里程最長的京深高鐵，全長2403公里，建設7年已通車。

為銜接大陸高鐵，港府自2005年也開始積極規劃香港段工程，並在2007年特首施政報告中列為十大基建工程，2008年開始具體設計，卻引起強烈的社會爭議甚至大型社會運動，從財政支出、土地回收、車站選址、設計方案問題，都引起各方關注甚至衝突。立法會財務委員會終於在2010年1月16日通過撥款動工，卻又一再延遲通車日期，並因工程延誤不斷提升造價成本。

據港鐵獨立董事委員會2014年10月28日公布的高鐵香港段延誤事件第二份獨立專家報告，高鐵香港段極有可能會進一步超支，當時最新整體造價估算為715億元，專家估計再超支的機率達67%，出現進一步延誤的機率也達31%。

這份報告委託外國獨立專家撰寫。港鐵同意專家報告的內容，並表示工程團隊會再深入研究，未來數月再向政府提交最新造價估算。港府發言人回應，在項目超出核准工程超支及相關的費用承擔問題上，當局仍會保留一切權利，以便向港鐵公司追究責任。但由於2015年5月超支及工程延誤的情況過分嚴重，連建制派的議員都不敢輕言支持，事件已演變成政治問題，據說港府期望在2017特首普選問題上不要節外生枝，但高鐵工程一再延誤及超支捲起的風波，預料不容易平息。

結果，港府2015年底宣布追加撥款196億，讓整段鐵路工程耗費達844.2億，引起社會及立法會泛民議員的高度質疑，議會內拉布、社會上抗議之聲不絕，直到2016年3月立法會財委會代理主席陳鑑林極受爭議的裁決，撥款才獲得通過。