自由行政策推出後，大量來自中國大陸的旅客到港消費，當中亦包括賺取差價盈利的大陸以及香港本土水貨客，而且情況越趨嚴重，每日在火車站尤其是上水車站內外交收水貨的達數以千計，他們在車站長時間逗留，造成出口內外的阻塞問題，深圳羅湖口岸外空地更被水客變作「分貨大笪地」。

港鐵2008年2月在上水站嚴格執行港鐵附例，禁止乘客在已付費區內外交收行李等物品， 2009年3月1日又在上水站實施人流管制措施，分隔上落車乘客。但自2012年開始，水貨買賣情況加劇，港鐵每日有約7名人員，在上水站內專門處理水貨客，例如行李檢查及人群管理等。職員見證每日運輸貨物總值動輒以百萬計的「裝卸區」。

這種情況，逐漸引起居民的不滿。反水貨客衝突事件，便緣於2012年9月15日起連續發生多宗於香港港鐵東鐵線上水站發生的「光復上水站」社會運動。網民指控香港境內散佈著內地水貨客，涉嫌從事走私活動，長期霸佔附近通道，同時又使到物價飆漲，嚴重影響居民生活。

在社交網絡的動員下，抗議行動首兩天都湧現約350名網民，事件受到輿論高度關注，傳媒也廣泛追蹤及報道，促使港府在同月19日公布一系列的打擊水貨客措施，包括統籌多個執法部門組織特遺隊及舉行聯合執法行動，並以涉嫌違反逗留條件、拘捕數以千計的內地人。

港 府雷厲風行，讓上水站還原清空了一段時間，卻是野火吹不盡，水貨客霸佔路面的場面不久即故態復萌，並逐漸擴展範圍至新界多個地區。到2014年底再有網民 號召「光復」運動，這波尤其是有政團參與，使行動不但更為激烈，且先後喊出「光復上水」、「保衛沙田」、「光復元朗、屯門」等口號，將內地與港人的矛盾推 至高峰，也讓內地網民湧現罕有的對抗性言論，加深內地與香港之間的矛盾關係。

面對著這種可稱為族群撕裂的現象，除了特區政府之外，北京也開始檢討自由行政策，而國務院總理李克強在2015 年3月舉行的兩會記者會中，也發出讓兩地和解，「使雙方民眾都滿意」的言論。只不過內地與香港民間存在深遽的鴻溝，似乎已難以在可見未來予以撫平。