地震後第3天，災區醫療物資短缺。不少災區外趕到的救援隊，都只帶着外科用具，到達災區時才發現內科藥物不足。但由於露宿街頭的災民很容易感冒，或血壓失去控制災區急需感冒藥、血壓藥、小兒退燒藥等內科藥物。有無家可歸災民全家大小都發燒，但臨時醫療站缺乏小兒退燒藥，只能以成人藥減量湊和代替，但很快亦不敷應用。有災民出現創傷後症候群，需要心理輔導。
與此同時，軍方直升機搭載救援物資，災後首次抵達對外交通及電信完全中斷的南投縣信義鄉。信義鄉當時14個村中，11村回報無人死亡，但有17人因傷需要治療，1名婦女急需洗腎，而雙龍、澤南及地利三村仍無任何音訊。
此外，台灣行政院決定，全台降半旗三天﹔同時救災相關公務員，在中秋節三天假期也停止放假。