運輸及房屋局指西九龍總站實施一地兩檢是內地和特區政府的共同目標，一地兩檢必然會建設「內地口岸區」。局方稱就有關清關、出入境及檢疫安排，牽涉複雜的憲制、法律及運作問題，相關方案在法律上必須符合「一國兩制」和《基本法》，以及實制運作上可行，特區政府和內地相關部委研究和商討，務求盡快取得最終共識。
立法會保安事務委員會副主席涂謹申表示，在香港設立內地管轄區做法在法律和技術上是可行，可將西九龍站部分土地撥歸內地政府，等於縮小香港領土範圍，此做法避免牴觸《基本法》，涂謹申表示一地兩檢是「主要是信心問題」，市民會擔心一旦開先例後，香港會否「一路縮細」。律政師表示相關工作仍進行，希望在2018年第三季通車。
