台灣防暴警察等凌晨展開清場行動，強制帶走佔據行政院的反服貿運動示威者，迅速奪回行政院。被捕學生領袖魏揚昨表示，自己願意負起任何的法律責任，但歷史責任會算在馬英九政府身上。
數百名激進派學生23日晩上突襲行政院成功後，政府已誓言定會清場。臨近半夜，過百名示威者通過自帶樓梯爬入行政院高層，他們打碎玻璃進入樓內。事後相片顯示，部份辦公室一片狼藉，電話線、電腦線被悉數剪斷，電器、桌椅、天花板都有損壞，孫中山畫像被毀。
至零時左右，已有至少1,500名警察完成對行政院的包圍，零時08分，勸離無果後，清場開始。1時過後，剩餘過千名學生退守行政院大樓和前院，大部份不再尋求肢體衝突，轉而手勾手、平躺在地上，奉行非暴力原則。
民進黨蘇貞昌、謝長廷、蔡英文等人此時突然現身，要求警方慎用武力，但部份學生發出噓聲、反對政黨介入。警方也放慢進度，轉而徒手拉起靜坐學生。4時26分，行政院大樓已經清空，僅剩下正門前的數百民眾。警方旋即發起最強攻勢，調用兩輛水炮車，發動至少六度水柱攻勢，先用高壓水炮壓制示威者，不少人被沖倒受傷，全副裝備的警察趁機入場拉起架走示威者，部份抵抗民眾被逮捕。
至5時10分，歷時5小時的清場行動終結束，據當局數字，共174名警員、民眾受傷，雖大多數僅是輕微擦傷、挫傷，僅約13人須住院。但示威者頭破血流的場景仍激起民間極大反彈。
