多名民進黨立委就「兩岸監督條例」草案提出自己的版本，如尤美女版本的「兩岸協議締結條例草案」第二條第一項稱，本條例所指稱之兩岸協定，「指台灣中華民國政府與大陸中華人民共和國政府之間，直接或委託法人、團體或其他機構協商，所簽署之書面文件、共同公佈之記錄、或發表之聯合聲明，及其增補修正」。雖然法案名稱避開了「兩國論」的敏感爭議，條文內容卻確立了「兩國兩府」定位。草案出爐後獲20多個立委聯署。
蔡英文為了避免黨內「立委」與黨中央步調不同，下令個別「立委」撤回已提出的相關法案版本，希望屆時進入委員會審查的只剩民進黨版、「行政院版」以及「時代力量」的版本。消息指，民進黨版的名稱幾乎確定會使用「兩岸」字眼，爭議內容不會納入，但為了與目前的「行政院版」有所區別，對於監督的力道還是會「比較嚴格」。
