兩鐵合併前的九鐵公司因興建落馬洲支線，提出濕地補償計劃，在落馬洲站旁設立37公頃的人工濕地，支線在2007年通車啟用，港鐵其後接管濕地，至今將近10年。港鐵表示，現時濕地共錄得超過260種雀鳥出沒，佔香港有紀錄品種的一半，比07年時增加近40種。
港鐵指，濕地包括27公頃魚塘、5公頃沼澤及5公頃蘆葦叢。他們每年投放500萬元管理落馬洲和錦田濕地，為濕地除蟲、製造人工退潮、活魚供應等，以製造適合雀鳥居住的環境，又成立9人專家小組，有多個環保團體作為顧問，每年向環保署和漁護署報告情況。
為吸引更多雀鳥棲息，港鐵利用泵水系統，製造人工退潮，並將魚塘原本的垂直塘壆，改成較平整的斜面塘壆，又放置人工浮台等。港鐵又在濕地範圍內放置了百多個巢箱，供雀鳥在內繁殖生蛋，並派人定時用儀器留意箱內的繁殖情況。港鐵現時每年投放超過500萬管理和改善濕地。
顧問之一的港大地理系副教授吳祖南表示，從雀鳥物種錄得的數字，已超出當年環評的要求，證明人工濕地的保育效果經已成功，但他認為，在管理上仍有改善空間。他指，港鐵曾製造巢穴希望吸引水瀨居住，結果失敗，顯示出對水瀨的要求和習慣仍未能掌握。
位於落馬洲站旁的這片濕地，吸引了不少候鳥棲息。2002年九廣鐵路興建落馬洲支線，填平部分魚塘，需要以提升鄰近魚塘的濕地價值作補償，2007年開始轉交合併後的港鐵管理。港鐵基建維修總經理黃永健又說，為保持環境寧靜，濕地暫時無計劃開放予公眾參觀。
