受地震影響，台南市多處大樓傾科、倒塌，最嚴重為永康區17層的維冠金龍大樓倒塌，該大樓於1992年取得建造牌照，在1994年11月落成，設籍在該大樓住戶約為96戶256人。有民眾報稱，在斷裂的樑柱中發現油桶和發泡膠，質疑工程偷工減料。不過，有工程師認為，以往不少建築物為了美觀，都會用油桶加粗主結構柱，令柱子看起來粗壯，有關做法並不違法。工程師反指出，大樓的鋼筋施工方式沒有依據標準程序，橫向的箍筋的屈曲角度不是耐震的135度，而只有90度，令大樓樓柱抗震力減低。
針對維冠金龍大樓可能涉及豆腐渣工程，台南地檢署已經展開調查。內政部長陳威仁說，大樓發展商及承建商都已經倒閉，只有負責設計的建築事務所仍存在，事件責任誰屬會在救災告一段落後展開。台南市長賴清德表示，維冠金龍大樓仍有149位住戶待尋。
其餘倒塌或傾斜的建築物還包括永康區南興街13號三樓建物倒塌、新化區京城銀行8樓建物建物傾斜、歸仁區旺林飯店傾斜、幸福大樓3樓變1樓、東區長東市場倒塌、仁德區太子路101巷36號4層樓建築物傾斜、關廟區深坑3街有一建物倒塌。