無證兒童方面不服高等法院上訴庭的判決，上訴到終審法院。終審法院判定《入境條例》的有關規定不符合基本法第24條第2款第（三）項的規定。第（三）項所指的香港居民所生子女，是包括其父或母在成為香港永久性居民之「前」或之「後」所生的子女。據此，終審法院對吳嘉玲案作出終審判決，判定香港特區政府敗訴。
判詞宣示了終審法院在特區內擁有全面的司法審轄權，更將此審轄權延伸，指：「一直引起爭議的問題是，特區法院是否具有司法管轄權去審核全國人民代表大會或其常務委員會的立法行為是否符合基本法，以及倘若發現其抵觸基本法時，特區法院是否具有司法管轄權去宣布此等行為為無效。依我等之見，特區法院確實有此司法管轄權，而且有責任在發現有抵觸時，宣布此等行為無效。」
