政務司司長林鄭月娥與分管港澳工作的廣東省副省長何忠友，在港共同主持粵港合作聯席會議第21次工作會議，雙方並簽署2016粵港合作的具體工作計劃，確定了92項年度重點任務，涉及粵港金融合作的共有11個，當中第16項便指向深港通：「推動深港兩地相關部門深化合作，適時推出深港通和開展合格境內個人投資者境外投資（QDII2）試點，推動深港兩地資本市場互聯互通。」
這份文件事後並透過紅頭文件傳達至廣東省各部，明確規定今年適時推出深港通，由廣東證監局、人行廣州分行和廣東省金融辦統籌負責。不過這項協議直到同年4月18日發布的《廣東省人民政府關於印發實施粵港合作框架協議2016年重點工作的通知》，才告曝光。
