總統府國務機要費案偵結，檢方認定陳水扁與吳淑珍涉嫌貪汙和偽造文書等罪，並起訴吳淑珍等人。陳水扁身為總統獲豁免起訴。另外，被起訴的還有前後任總統府辦公室主任馬永成和林德訓及總統府出納陳鎮慧4人。另依偽證罪嫌對前總統府機要室主任曾天賜和杏林製藥負責人種村碧君（李碧君）二人予以緩起訴處分。
檢方認定自2002年7月至2006年3月，吳淑珍以他人發票詐領國務機要費1480萬元新台幣。檢方起訴書指出，包括陳水扁「移花接木」核銷國務機要費、杏林新生製藥負責人李碧君提供給吳淑珍核帳的發票、吳淑珍購買鑽戒報帳約60萬元新台幣，第一家庭成員陳幸妤、陳致中、趙建銘等私人消費的發票，都應列在貪污所得中。
