律政司向終審法院提出申請，請求終審法院就1月29日的判決中有關全國人大及其常委會的部分作出澄清。時任行政長官辦公室新聞統籌專員林瑞麟表示，自終審法院1月29日作出有關判決後，衍生了兩個問題：
1 律政司司長梁愛詩訪京後表示，內地有關方面十分關注終審法院判決中提及有關全國人大及全國人大常委會的權力及地位，以及解釋基本法的說明；內地有關方面認為這些說明應該糾正。而過去一段時間，此事件引起了廣泛的關注及意見；
2. 若有數以十萬內地人有居港權來香港定居，對香港的長遠發展帶來甚麼影響。他指出，特區政府內部目前正評估第二個問題帶來的影響，同時也要求內地公安部門協助評估，確實有權來香港定居人士的數目，特區政府需要待完成詳細的評估後才能定出相關的策略，因此特區政府把這兩個分兩個部分來處理。
終審法院對香港基本法第22條及24條的判決在香港司法制度下是有法律效力的，因此暫時只處理憲制解釋權的問題。政府目前並沒有計劃向終審法院申請澄清香港基本法第24條應怎樣重新闡釋，特區政府也會繼續就這問題保持與中央政的溝通。他強調，政府上述申請並不影響終審法院就香港基本法第24條及內地人士居港權問題的判決。
律政司發言人也強調，提出是項申請並非請求重新審理案件或尋求推翻法院裁定的任何部分，但由於有關事宜引起廣泛關注及其在憲制上的重要性，因此透過香港內部的制度，由法院自行決定是否作出澄清是最適當的處理辦法。
