據台灣網媒《風傳媒》報道，總統府透過國安機制駁回卸任總統馬英九的香港行，且洋灑祭出多項理由，而非僅根據相關法令規定20日前提出申請的時限，就是要確定「實質審查」，避免留下尾巴，以防馬英九未來在國際場合，繼續在兩岸議題上出招，擾亂蔡英文政府的兩岸節奏。
由於《國家機密保護法》要求特定卸任官員宜向原單位在20日前提交出境申請，儘管法務部曾宣示這日期的限制並非重點，部分民進黨人士認為這是有效的規定，而馬英九卻在15日前才提出申請，只需以此法條即可予以駁回。《風傳媒》引述民進黨消息人士卻強調，若這樣做，將使新政府無法再對馬英九未來提出的申請駁回，相反這次建立國安機制，並列出多項理由，即可確立馬任何可能給兩岸關係出變數的出訪，都需「實質審查」，等於對馬的兩岸企圖，進行提早預防。