陳水扁等人涉及機要費等案，特別偵查組偵查終結，將陳水扁、陳水扁妻子吳淑珍等14人分別依貪汙治罪條例、偽造文書、違反洗錢防制法等罪名提起公訴。檢方未透露對陳水扁具體求刑刑期，但表示將向法院請求「予以最嚴厲之制裁」。
除陳水扁、吳淑珍外，同時被提起公訴的還有前當局領導人辦公室主任馬永成、林德訓，前當局領導人幕僚機構出納陳鎮慧，陳水扁兒子陳致中、兒媳黃睿靚，吳淑珍兄長吳景茂、嫂子陳俊英、好友蔡美利及其弟弟蔡銘傑、蔡銘哲，力拓公司董事長郭銓慶和原新竹科學園區管理局局長李界木。
檢察官偵辦後認為，陳水扁與吳淑珍涉嫌共同詐領及侵佔機要費，共計1.415億元新台幣；陳水扁並利用職權，借科學園區管理局於2003年、2004年間以先租後購方式，由當局向達裕公司購買坐落在龍潭科技園區範圍內的土地，並變更為科學工業園區部分，與吳淑珍及居中牽線的蔡銘哲、時任科學園區管理局局長的李界木等，共同收受賄賂1198萬美元，其中陳水扁、吳淑珍分得賄款1億元新台幣和600萬美元。另外，吳淑珍於2003年、2004年間，通過蔡銘哲居間牽線，以由前內政部長余政憲泄露評審委員名單的方式，協助郭銓慶取得「經濟部南港展覽館新建工程」標案，收受郭銓慶交付的賄款273.55萬美元。