屠呦呦獲諾貝爾獎後，批評和爭議聲音不絕。素有「科學打假鬥士」之稱的大陸著名科普作家方舟子接受鳳凰網專訪時說，青蒿素是在對數千種中草藥進行篩查的基礎上發現的，僅在這個意義上，它和中醫藥有一點點關係。針對外界有同行指摘屠在科研成果發表時署名不夠周全，他直批屠確實有「拔高自己、貶低他人，忽別人貢獻的的缺點」。方舟子舉例，在屠發表的專著中，甚至會篡改引用文獻的署名，這令她備受同行詬病，也是第她三次落選院士的原因之一。
方舟子這翻批評刊出後，卻又回過頭來備受網友的責難。有網民稱：「諾貝爾獎是世界公認的，得獎者本人都說是中醫藥給世界的貢獻，難道你們也去打假？」
