審計署調查發現，政府對慈善機構監管不力。有慈善機構把政府以優惠價批出的地皮，經營酒店和食肆，部分長達二十多年。審計署又發現，籌款機構活動開支佔收入高達三成，建議政府訂立開支上限。
現時全港有八千多間慈善機構獲稅務局批准免稅資格，但審計署發現政府對慈善機構規管不善，例如有慈善機構曾向董事違規發放合共1800萬元薪酬，稅務局收到投訴跟進。慈善機構雖然之後沒再向董事支薪，但董事未有退還有關款項。
部分慈善機構獲政府免地價或以優惠價批地，用作福利用途，包括興建宿舍。但審計署發現，有11幅地經營酒店或服務式住宅，大部分沒有提交帳目。其中一幅地是政府以1000元象徵式地價，批出給一間慈善機構，興建非牟利宿舍、幼稚園等。地契列明不得分派利潤，利潤只能用於機構慈善服務。地政總署直至2013年，即有關建築物獲佔用許可證的22年後，才向機構索取帳目。發現單在2013至2015年，酒店賺取7000萬元，並全數轉撥予機構。
另一幅地同樣被慈善機構經營賓館，營運超過20年後，社署發現並要求終止營運。機構聲稱會按地契條款，改為非牟利宿舍。但審計署去年底發現，機構廣告單張把宿舍宣傳為服務式住宅，租給非本地客人。
除了酒店，還有其他商業用途。例如一個制服團體於1989年獲政府批地興建新總部，署方發現其經營西餐廳和酒廊，對外開放。有旅行社單張宣傳，西餐廳為旅行團提供自助餐，自助餐券更在商業網站上出售。
免稅慈善機構在過去十年間，大增一倍達8923間。單是2014/15年度，經社署和民政署批准的慈善籌款共籌得2.82億元，但獲准扣稅的捐款高達118.4億元。除賣旗外，其餘一般籌款活動都沒有開支上限。審計署發現，在2012-16年期間，籌款活動的開支佔整體收入22%至30%，部分沒按規定交審計報告。而被暫停籌款的機構，仍然透過網站籌款。
審計報告指，稅務局延遲跟進慈善機構免稅地位覆查個案。截至去年9月有635宗個案未完成覆查，其中11%已超過5年未完成，1宗個案更超出6年的評稅時限才獲跟進。有慈善機構違規向董事，支付共1300萬薪酬，雖然被稅務局叫停，但其免稅地位不受影響。有機構自確認為免稅慈善機構後，12年都從未開始運作，署方認為可能引致延遲評稅，有必要檢討《稅務條例》。
