中國國台辦與台灣陸委會已就周子瑜事件進行溝通，國台辦發言人強調：「台灣有些政治勢力利用兩岸民間交往中的個別事件，挑撥兩岸民眾感情，兩岸同胞要高度警惕。」
國台辦亦指：「2008年以來，兩岸雙方在堅持『九二共識』、反對『台獨』的政治基礎上，開創了和平發展的新局面。這個基礎必須維護，成果應該珍惜。我們支持兩岸文化交流、鼓勵兩岸青年交流的態度是一貫的。 希望兩岸青年在交流合作中增進了解，不斷深化對兩岸關係的正確認知，融洽民族感情。」
陸委會發言人林祖嘉表示：「已向陸方表達台灣嚴正立場，明確告知陸方不要誤判青天白日旗與『台獨』之間的關聯」。林更進一步譴責黃安，直指黃的做法「非常不適當」。
