西九龍站的邊境管制區域引發法律爭議，有立法會議員推斷，該界線和區域為中港兩地管轄不同區域，內地人員將在香港境內執行邊檢相關內地法律，可能引致司法覆核。
林卓廷質疑，若有人在香港境內但屬內地管轄範圍或高鐵列車上，干犯邊檢法律以外刑事罪行，甚至政治敏感行為如抗議六四，內地人員是否可用顛覆國家或尋釁滋事罪行拘捕有關人士，本地執法人員又是否有權執行香港法律，否則這些範圍或淪為法律真空地帶。郭榮鏗指部分範圍管轄授予內地邊檢相關部門，將會開了很壞的先例，反問是否可以同樣方法，將香港境內部分地方的管轄權割讓予中聯辦等駐港機構。又指，在內地管轄範圍犯案，本地法庭申請的人身保護令及相關法庭命令又是否適用。
何君堯則指出，不論是否實施一地兩檢，香港和內地都屬同一國度，中港只存界線（boundary），並非國與國的邊界（border）。又說國際法容許不同國家及別國設置領事館，該範圍的司法管轄權屬玄該國所有，認為高鐵情況相同。稱內地容許香港執法人員「進入母體」，內地深圳灣管制站執行香港法律，基於互利互惠及法律的雙向性原因性原則，說西九總站劃出部分區域予內地執行相關法例屬無可厚非。
