陳水扁、吳淑珍夫婦等人被控在二次金改時因部分金控整併案，向企業索賄並涉及洗錢。台北地方法院判決陳水扁夫婦等全部21名被告無罪。合議庭認為，翻遍憲法，均無金控合併與總統職權有關的規定，難以認定企業給款扁家有行賄對價意圖。
合議庭審判長周占春在判決敘明，檢方當初以職務上收賄起訴扁，但何謂「總統職務上行為」，已非刑法解釋問題，而是牽涉憲法規定。合議庭研究憲法、大法官相關解釋，以及相關學者論述後，認為金融合併案，並非憲法列舉的總統權限。
合議庭並認為，國泰蔡家交付陳水扁5億元新台幣與元大馬家交付扁家2億元新台幣的過程，難以認定企業有賄求之意，也無法證明扁、珍收錢時，有以總統上職務行為應允，難以認定有對價關係，因而判扁、珍無罪。
至於被控為扁珍洗錢的扁家子女與企業高層，合議庭表示，既然檢察官沒法證明扁家國泰世華保管室內的鉅款是重大犯罪所得，協助扁珍處理金錢的人，自難認定構成洗錢。
而前元大營運長馬維辰遭控背信、國泰銀行前副董事長李明賢遭控藏匿相關證據，合議庭也認為證據不足，均判無罪。
