如果臥底元素是香港電影那永無休止的宿命，《掃毒》進一步說明臥底與選擇之間落差。到底臥底有沒有選擇。馬昊天(劉青雲)、 蘇建秋(古天樂) 和張子偉(張家輝)三個識於微時，一起成長於香港舊式屋邨，也一起走上警察之路。但一次跟東亞毒梟決戰時，全軍盡墨。三人被逼到死亡崖端，毒梟逼天選擇放棄其中一人，天原打算選擇犧牲自己，留下成全子偉和秋，讓他們得以脫險，可是毒梟表明，我是莊，你是閒，你沒有遊戲選擇權，但可以選擇二擇其一，結果他選擇了秋，因為秋被選擇成為臥底，也迫逼走到死亡邊緣，但更重要者乃秋一直對懷孕妻子深感愧疚，一直對背負著可望不可及的家庭，也背負著一段兄弟情義。結果，子偉被選擇犧牲。
但意想不到者，子偉原來死裡逃生，更成為毒梟女婿，但他的真正身份卻是臥底。目的，當日他被選擇犧牲，不明不白，他活下去就是要得一個明白，另一半則是骨子他們還是一個警察，無論是子偉，還是天，或者是秋。正如無間道中的臥底，無論生和死，他們都是警察，「你好嗎，警察。」
子偉策動「復仇」，目標是天和秋，但也同時指向毒梟。雙線臥底行動同時展開，但這次子偉孤軍作戰，完全沒有後援。子偉設局「復仇」，其實不過把當日死亡崖上的選擇絶境重演一次，但這次的角色重新洗牌。這一次，子偉成為莊，天和秋仍是閒。天再一次要求自我犧牲，又被莊家拒絶。可是拒絶的結局跟上一次不同，子偉和天放下重負，秋跪下認錯，三人聯袂重新上路。
三人準備跟毒梟決一勝負，但這是他們都是犯，沒有了警察身份。天是逃犯，秋是劫犯，子偉是毒犯。他們為著一個正義的理由和兄弟之情而戰下去。正如天常言：「這一刻我做了應該做的事，生和死，我都心甘命底。」
最終，子偉死於亂搶，他的變性妻子，為救夫君，遭橫刀割肚，二人緊握著手，共赴黃泉。秋打算押注自己來成就正義，但為天阻止，因為天相信犧牲從來都是自己的宿命，第三次犧牲終於成就了這個結局。秋終於打死毒梟。
故事似乎在說明，香港人都是過客，香港從來都是一個過客城市，我們都有著臥底的基因，前路總是看不清，但活下去的理由卻是明天，我們只能以「誓要去，入刀山」的意志，奮戰至最後。
我們都有選擇權，正如他們三人最終選擇了正義，也選擇了犧牲。
《掃毒》選擇之間
